如果垃圾焚燒發電控制得當，對環境的影響可以很小。 但如果焚燒過程及尾氣、殘渣、廢水控制不當，也可能造成二次污染，必須引起重視。

      （一）垃圾焚燒后的二次污染。 垃圾高溫焚燒可以、分解有害物質，但當工況條件發生變化，或者處理前尾氣泄漏，處理中稍有不慎就會造成二次污染。

       垃圾焚燒站過程中的煙氣凈化處理（如洗滌塔）用于去除焚燒過程中產生的HCl、HF等酸性氣體。 如果它們在焚燒過程中或煙氣中沒有用石灰（粉末或漿料）中和，這些氣體將直接排放到大氣中，造成二次污染。 

      （二）水資源污染問題。 垃圾運輸、貯存、貯存過程中容易發生泄漏和發酵，產酵廢水和濾液，其中含有一些有害雜物。 如果不進行污水處理，水資源將會受到污染。 尾氣處理產生的廢水、廢渣、粉塵也要認真處理，避免污染水源。

        (三)  殘渣、粉塵污染。 垃圾焚燒后的殘渣和尾氣處理產生的固體廢物如果不嚴格控制，會造成土地資源二次污染，破壞生態環境。